Más de 210 especies de aves son albergadas en los Pantanos de Villa, espacio designado como Refugio de Vida Silvestre, el único en Lima, que además ostenta el estatus de área protegida desde 1989.
Este importante humedal es sitio para especies migratorias, residentes y de registros eventuales. Durante los meses de noviembre y diciembre, los visitantes pueden apreciar imponentes bandadas de entre 15,000 y 20,000 ejemplares, que migran desde el hemisferio norte, ya sea para establecerse temporalmente en la zona, o hacer una parada corta en su ruta hacia el sur del país.
Dentro de las aves registradas se encuentra el potoyunco peruano (Pelecanoides garnotii), el pelicano peruano (Pelecanus thagus), el guanay (Phalacrocorax bouganvilli), el piquero peruano (Sula variegata), el zambullidor blanquillo (Podiceps occidentalis) y la gallareta gigante (Fulica gigantea).
Otras especies de aves importante son: el playero manchado (Actitis macularía), el pato cabeza verde (Anas platyrhynchus), el playerito occidental (Calidris mauri), el halcón peregrino (Falco peregrinus), el chorlo del ártico (Pluvialis squatarola) y la garza tricolor (Egretta tricolor).